O município está em cima de um terreno acidentado destacando-se as elevações das serras existentes além de regiões baixas (vales ou várzea). Várzea possui as seguintes coordenadas geográficas: 23º13’ latitude sul e 45º19’ longitude oeste.
Limita-se ao sul com Campo Limpo Paulista e a norte, leste e oeste com Jundiaí. A sua altitude está a 720,50 metros em relação ao nível do mar tem um clima ameno (tropical de altitude) com temperaturas que variam de 12º a 30ºC. A umidade relativa do ar chega 45% no inverno e 75% verão. Os níveis de chuva chegam a 375 mm no outono e 195 mm no inverno.
Várzea Paulista está há 57 km de São Paulo e 7 km de Jundiaí e 5 km de Campo Limpo Paulista.
Tem acesso pela Via Anhanguera, Rodovia dos Bandeirantes, Via Do Pedro I, Circuito das Águas, Rodovia Edgard Maximo Zambotto.